Crkva Sv. Marka zaštitnika biskupije postala je svetište stolne crkve Sv. Marije. Njeni ostaci su oko 100 metara jugoistočno od crkve Presvetog Trojstva. Turska vojska 1493. nekoliko mjeseci prije Krbavske katastrofe porušila je sve modruške crkve.
Uz pavlinski samostan na Kapeli, u Modrušu se spominje i franjevački i dominikanski samostan, a pretpostavlja se da je tu bila i glagoljska tiskara u kojoj su se tiskale prve knjige u Hrvata.
Na temelju najnovijih istraživanja arhivskih podataka zaključuje se da je crkva Sv. Duha bila franjevačka crkva, a crkva Sv. Antuna pustinjaka crkva dominikanskog samostana.
Danas U Modrušu postoje samo tri obnovljene crkve: župna crkva Presvetog Trojstva, crkva Sv. Antuna pustinjaka i kapela Sv. Nikole putnika.
Crkva Sv. Antuna pustinjaka
Crkva Sv. Antuna pustinjaka nalazi se južno ispod zidina stare modruške utvrde Tržan. Građena je po oslobođenju od Turaka na temeljima prijašnje crkve za koju se ne može ustvrditi starost. Uz crkvu je stajala i sakristija koja tada nije obnovljena i danas je više nema.
Smatra se da je crkva pripadala dominikanskom samostanu, pa je vjerojatno bila posvećena svetom Antunu pustinjaku, jednom od starih redovnika. Ostaci samostana i danas se naziru pokraj crkve. Današnja građevina je po izgledu u mnogim detaljima izmijenjena, ima niži i čvršći krov. Lijevo vidimo sliku Crkve iz 1927. godine.
Crkva Sv. Antuna u predratnim vremenima ima sakristiju s jednim prozorčićem, nešto prošireni brod crkve i nadsvođeni dio ispred pročelja. Stradala je U Drugom svj. ratu, bila je pokrivena šindrom s visokim strmim krovom radi snijega. Na pročelju je bilo zvono na preslicu.
Kapela Sv. Nikole putnika
Gospićko-senjski biskup i povjesničar mons. dr. Mile Bogović smatra da je kapela Sv. Nikole Putnika uzrokovala promjenu imena planine Gvozd u Kapela. Ime je dobila vjerojatno po Nikoli IV. Frankopanu i bila jedan u nizu sakralnih objekata za samostan Sv. Mikule na Gvozdu. Stradala je U Drugom svj. ratu, izgrađena je uz magistralnu cestu Josipdol-Senj.
Mise služe na blagdane oba Antuna (13. lipnja i 17. siječnja) i na blagdan Sv. Krunice.
Crkva Sv. Duha
Knez Stjepan je na molbu kraljice Elizabete i pape Grgura XI., 1378. izgradio franjevački samostan i crkvu Sv. Duha.
Desno na slici su ostaci crkve Sv. Duha, a lijevo prema sjeverozapadu na udaljenosti oko 300 m vide se ostaci modruške gradine Tržan.